In JJI Lelystad geven ze uitvoering aan de voorlopige hechtenis, jeugddetentie en plaatsing in een inrichting voor jeugdigen (PIJ-maatregel). Alle jongeren in de JJI verblijven er meestal voor langere tijd, gezien de ernst van hun delict en de duur van de behandeling. 
JJI Lelystad is expert op het gebied van Licht Verstandelijk Beperkte (LVB-)jongeren met complexe psychische en psychiatrische stoornissen. In JJI Lelystad bereiden ze alle jongeren voor op hun terugkeer in de samenleving. Elk traject sluiten ze af met intensieve nazorg.